成语“水落石出”的字面意思是指冬季水位下降后，原本淹没在水中的石头显露出来。这一景象生动直观地描绘出事物经过变化后，隐藏的真相或本质终于清晰呈现的过程。因此，其核心寓意是指事情经过调查、澄清或时间的推移，最终真相大白，完全显露出来。
这一成语的典故最早可追溯至北宋文豪欧阳修的《醉翁亭记》。文中写道：“野芳发而幽香，佳木秀而繁阴，风霜高洁，水落而石出者，山间之四时也。”欧阳修在此处纯粹是描绘琅琊山四季的自然景色，其中“水落而石出”指的是秋冬时节溪水消退，河床石头显现的萧瑟景象。此时的用法尚停留在写实层面，并未直接赋予其比喻意义。
真正使“水落石出”固定为成语并广泛用于比喻真相大白的，是北宋另一位文学家苏轼。在其名篇《后赤壁赋》中，苏轼写道：“山高月小，水落石出。”此句同样描绘夜游赤壁时所见江景，但结合全文的意境与哲思，已隐约蕴含了事物明朗化、真相显现的意味。后世文人在使用过程中，逐渐将这种自然景象与探究真相、澄清事实的抽象过程联系起来，使其完成了从写实到比喻的语义升华，最终凝固为一个常用的成语。
在内涵与应用上，“水落石出”强调的是一种经过主动探索或自然发展后达到的明朗结果。它常与调查、研究、争论等场景相关联。例如，在司法领域，警方经过缜密侦查，使得案件真相“水落石出”；在学术讨论中，经过反复辩论与考证，一个问题的本质得以“水落石出”；甚至在日常生活中，一个长期存在的误会经过沟通得以澄清，也可用此成语形容。它承载了人们对真相终将战胜迷雾、正义终将得到彰显的坚定信念，具有积极的色彩。
综上所述，“水落石出”是一个意象鲜明、富有哲理的成语。它源于古人对自然现象的细致观察，经由文人提炼而成为文化符号，生动地体现了中华民族追求真理、注重实据的思维传统。时至今日，它仍活跃在我们的语言中，提醒我们在复杂的情境中保持耐心与求索的精神，坚信经过努力，事实终将如水位下降后的石头一般，清晰无误地呈现在世人面前。